"Дж" или "дз", "ш" или "с"...

Как-то до сих пор для себя считал, что выбор того или иного варианта -- больше вопрос вкуса, поскольку в оригинале там обычно вообще что-то среднее.
Однако попалось толковое разъяснение:
http://lliothar.livejournal.com/163836.html
Что думают филологи на тему вариантов записи японских слов русскими буквами (пресловутая битва "Поливанов против Хепберна"), или почему по крайней мере для русскоязычного человека "дз" предпочтительнее "дж" и т.п..

Кстати, в курском переводе книжки "Соревновательное айкидо", встретил непривычный, но, кажется, вполне адекватный вариант использования "щ" вместо спорного "ш"/"с". Хорошо ли это или плохоли, я спросил в дискуссии под статьёй по ссылке выше. Ответа пока не успел получить.